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学习生信的系列书籍

每次遇到有人问怎么学生信时，总会碰到一个尴尬的问题，“有没有什么书可以推荐下”。骤然之下，也不知道该怎么回答。这个问题有点大，想不到一本书可以囊括。而且对提问人的基础和学习倾向没有了解，与其指条错路，还不如不指。最后我都会说，看生信宝典吧，有一系列由浅入深的Linux教程，R教程，Python教程和NGS教程；你要想学就按我写的做，有问题再讨论。

这个为生信学习和生信作图打造的开源R教程真香！！！

这个为生信学习打造的开源Linux/Bash教程真香！！！

后来想想，生信宝典虽然是凝练了很多书籍、经验的知识合体，但总会有涉及不到的地方和忽略了的地方。还是系统地整理下书籍，做为一个补充吧。

我最开始学习时也会碰到读什么书的问题。那时候网上还没有现在这么多的资源，而写成书的东西都会比较系统，所以有一本合适的入门书籍还是会很有帮助的。但怎么叫合适呢？最开始学C语言，看了谭先生的C语言入门系列，确实是入门系列，看来看去总在门口徘徊，体会不到先生的真谛。直到后来寒假在家读了The C programming language才知道圣经就是圣经，地位不可撼动，拉你入门没商量。

后来，我选书的原则就是，先搜索到一堆 (现在百度云里面还沉睡着很多电子书)，然后一个个的打开浏览，看不下去的就扔掉，哪个能看下去就看哪个；很有可能最后看完的那个，无论在写作风格和内容深度方面都是适合你的这个阶段的。看网上的教程也是，多浏览，少细读，既能保证你熟悉这个方向，又能帮你找到合适的切入点。

列一下其中可能对大家有帮助的书：

• 并行计算导论(2006 张林波等编著)：如果不想学并行计算，这本书第二章是不错的Linux操作系统、Linux命令和Linux开发环境介绍，朴实、详细。
• Bioinformatics programming using python (2010, O’Reilly): O’Reilly出版，经典，只看前7章就可以
• ThinkPython, ThinkBayes, ThinkStats (Allen B. Downey著): 计算的视角学习贝叶斯和统计, 自带电子版
• Programming Collective Intelligence (Toby Segaran, O’Reilly): 有意思的机器学习类书籍，基于Python

关于生信，我最开始看的是《生物信息学中的计算机技术》(2002年出版)，内容涵盖Linux系统使用，生物序列分析、基因和基因家族鉴定，系统发育和数据库建设、自动化、可视化等内容。对当时不知道怎么入手的我，有很大的启蒙作用。现在已经记不清具体的内容了，只是印象中看完这一本，朦胧中找到了方向。后来的两本书有《Beginning Perl for Bioinformatics》(2001年出版)，《Beginning Python for Bioinformatics》(2002年出版)，应该还都有对应的Master系列，在看这两本书的时候，已经有了一定的编程基础，都是作为既学习英语，又弥补下没系统学习过编程的缺陷。

后来在中科院数学所张林波老师和计算所迟学斌老师教授的《并行计算》，刘莹老师主讲的《数据挖掘》，《计算机病毒》等课程下巩固学习编程理念，不局限于哪一种语言了，主要学习里面的思考。这些老师，无论在基础理论还是应用上都有很好的经验指导。如果在中科院或北京上学的，都可以去选这些老师的课。迟学斌老师常常呐“不怕贼偷就怕贼惦记”来教导我们，不要害怕学不会，多看几遍，没事多想想就会了。套用现在话就是，没有看一遍生信宝典解决不了的问题，如果有，那就再看一遍。

再以后，基本就不完整的看专业类的书籍了，用到哪部分，就借助谷歌去搜索。因为有了一些经验，再多看看在线的教程，哪里不会搜哪里，问题一般都可以解决。这是一个便捷快速的方式，就像你有一本可检索的CookBook在手。但是也会造成知识不连贯的缺陷。比如学习R时，就只看了R for beginners(现在看的比较多的应该是R in actions，也属于快速上手的小册子)，后来也没系统地学，直到现在R的水平还是在入门阶段徘徊 。

写代码到了一定的阶段，还是要多看优秀的代码，学习他人的写法，学习新的思路和新的方式。在解决问题时，如果感觉自己写出的代码很诡异，虽然能解决问题，但也最好搜索下，有没有更合适的方式。

从出版日期来看，之前看的那些书都比较老了，而且讲述的都是经典的计算知识和基础的生物计算处理。如果作为生信中的编程入门，问题倒也不大。但生物信息学发展到现在，那些提到的知识大都被封装到函数或命令中，现在用起来都是很简单的事了。尤其是对于着急用生信的人来说，里面的知识跟眼前要解决的问题中间有10年的落差，给人感觉有点\”low\”，可能满足不了现在人浮躁的心理。

最近这几年出版的书，对常用的高通量测序、蛋白质组学和代谢组学等都有涉及，还是有一些挺不错的，比如 Clinical Applications for Next-Generation Sequencing (2016)和Next-Generation Sequencing Data Analysis (2016)，Bioinformatics_and_Functional_Genomics_3rd_edition (2015)都可作为参考读物，用到什么地方去读什么地方。当做小说看也可以，翻到哪是哪。

• Clinical Applications for Next-Generation Sequencing (2016): 开始是关于NGS技术的原理、优缺点、应用的详细描述，后面分不同类型的疾病概述NGS的研究进展和存在的问题。
• Next-Generation Sequencing Data Analysis: 涉及分子生物学基本知识，NGS概述、测序原理及注意事项、NGS共有分析步骤及软硬件要求；转录组，小RNA，全基因组、表观和基因组组装等的原理、实验设计、分析内容和用到的工具。
• Bioinformatics_and_Functional_Genomics: 大百科，序列比对，数据库使用，系统进化，到芯片，NGS，蛋白结构、蛋白组，疾病；有原理，有代码。

如果想看中文的，书好像是没有的，但公众号和博客还是很多的。不管看懂看不懂，每篇都翻一翻看一看，说不准什么时候就会了。就像大学时，去图书馆，不看书，而是挨个书架的走动，浏览书名就会有不少收获。

最后，不管看书，还是看公众号，都要打起至少半年的主意；如果能坚持半年，再回头来看，拦路虎都成温顺的小猫了。

推荐一本学习生信的好书，新手友好，实战性强

经典教材《生物信息学》第二版出版了

你会记笔记吗？你与学霸的距离，可能就差本笔记

计算机科学与技术学院研究生展示他们制作整理的《统计学原理》思维导图。

通信学院大三学生谌放展示自己的笔记。

昨日，重庆邮电大学教学楼，大学生们正在翻阅“学霸”的优秀笔记。上游新闻记者 杨新宇 实习生 邓雨笛 摄

俗话说，好记性不如烂笔头，不动笔墨不读书。新学期，重庆邮电大学为学子们送上一份别致的开学礼物——第三、第四教学楼和图书馆大厅展示了60本统一装订、书写工整、条理清晰、归纳得当、图文并茂、内容扩展的学霸笔记。

“笔尖上的记忆——重邮学生优秀笔记展”让同学们十分震惊，也十分受益。

为何他们能考99分？

看笔记就知道了

国际学院大三学生李晓玥上学期《信号与系统》学科期末考试拿到了99分（满分100），她是怎么做到的？翻开她的笔记本就知道了。

这门课老师采用全英文教学，专业词汇很多，小李会把它们逐一记录下来，下课后再根据教材和参考书去延展。当然，老师上课的PPT，她也会挨个消化整理在笔记本中。

“上课记笔记注意力会很集中，能紧跟老师的思路走。”李晓玥说，书写笔记的过程跟看是不一样的，它更有助于把知识点烙在心里。

通信学院大三谌放上学期也修了这门课，期末考试也考了99分。他整理了两个笔记本，写了100多页。“期末考试前看笔记本比教材更丰富，复习效率更高。”谌放说，当时就有同学来找他借阅。

获得本次笔记展一等奖的作品，是计算机科学与技术学院研究生“网络智能与网络技术创新团队”的《统计学原理》，一份由16张A4纸拼接出来的思维导图，文字不多，但浓缩了一本200多页的《统计学原理》教材。

四位研究生各自分工，将自己对这门学科的理解用脉络线条舒展在一张大纸上。团队一位同学介绍，研究生很少记课堂笔记，他们要阅读大量论文，常用思维导图来展示知识框架。在绘制过程中，会借助imind软件等让结构图看起来赏心悦目，还能将电子版在网上分享。

为何要展出学霸笔记？

让课堂回归常识

昨日上午9：40，大课间，同学们争先恐后来到笔记展示区取阅、学习。

为什么要送这份开学礼物呢？学生处处长刘奎说，为了让大学生更好地利用美好的大学时光，求真求学，练真本领。

先在全校范围内征集优秀笔记，再由学院专业教授评选，最终有60本笔记获奖。“读书学习应该记好笔记，这才是学习本来的样子。我们希望这些优秀的学霸笔记能引领学子们，回归课堂常识。”

“大学是用来奋斗的，别让高中成为人生的巅峰，请在大学遇见更好的自己。”在学霸笔记展示区，这一条标语触动了不少学子。

软件专业大三同学胡恒瑞站在书架前：“这些同学写得太好了，作为课余学习的辅导教材，看起来一点不枯燥。”他说自己这学期准备考研，想借鉴一下这些同学的先进笔记经验。

据了解，入选的优秀笔记将进入学校学业资源库，同学们可借阅学习。接下来还将开通学业志愿者QQ在线答疑，邀请学霸笔记的主人在线交流。国庆节后，部分学霸学长将进入新生班级群，给他们作指导。

为何把笔记写成“教材”？

期末复习很轻松

本次获奖的60本笔记还将被学校档案馆收藏，成为首批进入档案馆的学生笔记。每一个获奖的同学，作笔记的学科都不尽相同，他们的学习方法也各异。

网络空间安全与信息法学院大二学生付佳琳的笔记是《大学计算机基础、C语言、JAVA》。她说，相对于用手机拍下老师的板书，她更喜欢用笔写下来，“记录的整个过程是一种思考。”

《高等数学》《大学物理》《大学英语》是基础学科，光电工程学院大二学生侯丁以说，用晚自习的时间将当天课堂讲的知识点，结合教材进行梳理整合，用彩色笔标注重点例题，“平时做好笔记，期末复习会很轻松。”

生物信息学院大三学生骆安琳从小对物理有所畏惧，但上大学后却很重视记好物理笔记，她的物理成绩也节节攀升，“记笔记是一种学习态度。我把老师讲的每一个解题步骤都标注了思路和知识点，复习时很容易就回忆起知识重难点。”

外国语学院大三学生孙雨月把英语笔记记成了一本书，上面有速记的老师课堂口述材料，也有中英文写的读书笔记。

《概率论与数理统计》是挂科率较高的一门学科，软件工程学院大三学生彭博韬却每次都考得不错。彭博韬说，这门学科教材看起来很薄，但却囊括了两个大类数学的融合，“我的笔记就是把这些生涩的概念用自己的语言翻译出来。”

教授说

照抄板书，真的不是好方法

此次优秀笔记展的评委都不建议学生采取照抄板书的形式来记录课堂笔记。

通信与信息工程学院副院长、教授余翔建议，记笔记应以有利于自己后续复习为第一目标；选用易增删、幅面较大的笔记本，注意留空充足；每次复习使用不同颜色笔作注释。

网络空间安全与信息法学院院长、教授吴渝说，付佳琳同学大一时的计算机基础笔记有简单的目录索引、自创的符号系统，还运用了思维导图。整本笔记既有对书本知识的浓缩、整理，具有较完整的知识体系，同时也具有较丰富的知识点细节。可谓做到了把书本读薄，聚焦于重要和关键知识，便于考前复习和知识速记。

理学院副院长、教授朱伟认为，笔记的注释对知识点的理解非常有用，重要知识点通过不同颜色笔进行标注与区分，便于掌握。另外，图文并茂，适当总结，用便笺纸不断增添完善知识点也不失为一种好办法。

小调查

上课时拿手机及时拍下板书，下课时再找老师拷一下PPT课件……在一些同学看来，记笔记的方式好像“落伍”了。昨日，重庆晨报记者对部分高校大学生调查发现，如今一个班仅三成同学会在课堂上记笔记。

大学老师表示，学生课堂上用手机拍板书一般不反对，但也不提倡，“作笔记的过程其实是学生消化知识、提升解题能力的过程。照搬老师的还是别人的东西，并不能完全武装自己的头脑。”（重庆晨报记者 黄晔）

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